分离物的高灵敏度检测对于微流控芯片有着重要意义。目前，微流控芯片的检测方法大体上可以分为3类：光学检测、电化学检测、质谱学检测。
紫外吸收检测法
紫外吸收检测法是一种常规光学检测法，相应的检测器已经趋于成熟，但由于芯片的通道小、灵敏度不高，因此该方法已经不能够满足对低浓度和极微量样品分析的要求。
电化学检测法
电化学检测有三种基本模式：安培法、电导法和电位法。中安培法是应用最普遍的一种方法。其基本原理是：测量化合物在电极表面受到氧化或还原反应时，会失去或得到电子，产生与分析物浓度成正比的电极电流，通过测量微通道中的电流即可得到溶液浓度的变化情况。电化学检测的灵敏度可以与荧光检测的效果相媲美。
质谱检测法
质谱检测的原理是根据分子质荷比的不同而达到检测的目的。其最大优点是能够提供分子空间结构信息，因此在生物大分子(如蛋白质)的结构研究方面具有独到之处。
