1. 不能用这种方法除去物体表面的切削粉末，这点在清洗金属表面油垢时表现尤为明显。
2. 实践证明不能用它清楚很厚的油污，虽然用等离子体清洗少量附着在物体表面的油垢有很好的效果，但是对厚油垢的清除效果往往不佳，一方面用它清除油膜，必须延长处理时间，使清洗的成本大大提高，另一方面有可能是它在与厚油垢相互接触的过程中，引发油垢分子结构中的不饱和键发生了聚合，偶联等复杂反应而形成较坚硬的树脂化立体网状结构有关。一旦形成这类树脂膜他将很难被清除。因此通常只用等离子体清洗厚度在几个微米以下的油污。
3. 在应用过程中还发现不能用等离子体清洗很好除去表面粘附的指纹，而指纹是玻璃光学元件上常出现的一种污染物。等离子体清洗也不完全不能用于出去指纹，但这需要延长处理时间，这时又不得不考虑到这是他会对基材的性能造成不良的影响。所以还需要采用其他清洗措施进行预处理相配合。结果使清洗工艺过程复杂化。
4. 由于等离子体清洗过程需要进行真空处理，而且一般为在线为在线或批量生产，因此在把等离子体清洗装置引进生产线时，必须考虑到被清洗工件的贮存和移送的问题，特别是当被处理工件体积较大，数量较多更应考虑到这个问题。
