不论在技术性还是在经济性上，微流控技术都具有许多的优点。随着流控装置的结构尺寸减小到微米尺度,流体的比表面积显著增加,表面效应开始占主导地位。由于微结构中的流体流动在绝大部分区域为严格的层流, 仅在有限的锋利边角附近为湍流,这使得微结构中的流体流动具有良好的流体流动特性。
由于缺少适当的湍流,不同流体的混合只能通过扩散作用或是果用特殊设计的流动混合单元。此外, 由于扩散和熱传导与尺寸正相关, 所以能很快达到平衡。
另外, 样品用量少是微流控技术的一个突出优点, 特别是对于那些高度平行化的应用, 如用于基因组学、蛋白质组学和药物筛选的检测装量, 样品用量少可以显著降低该类分析检测的成本。样品用量少的另一个优点是可以最大限度减少破坏性测试所需的样品量, 如血清或组织间的流体等样品 。
利用微流控技术能够精确操控微小体积的样品。这可以通过适当调节腔室的结构尺寸、样品池和反应器来实现。液滴生成技术是另一种可以准确计量微量流体体积的方法, 这是微流控技术在分离方面的一项应用, 这类重要的产品包括喷墨打印头和给药系统。芯片测位器是该类产品的另一项应用, 用于核酸、 抗体等的分离。
在反应体积相同的条件下,较大的表面可以吸附相对多的催化剂或酶,从而具有更高的反应效率 此外, 由于比表面积大, 毛细管作用力相对重力等体积力占优,可用于一次性装置的流体输送。最后,微加工技术能够实现集成化和大规模生产,这使得微流控装置在经济性上可行 。